В корпорации бардак жуткий, да. Только это говорит о корпорации, а не о Земле в целом. Подозреваю, что головы хорошо полетят, когда о бардаке станет известно руководству компании.
А полковник по отношению к Джейку подставы, судя по всему, не планировал. Более того, он единственный, кто попытался парня с задания снять и домой за новыми ногами отправить. Потому он и взбеленился так из-за предательства: он включил Джейка в число "своих", а тот обманул доверие. Кстати, будь Джейк официально под началом полковника, не исключено, что отправился бы на лечение в приказном порядке и не успел наломать дров.